Alfred Cluysenaar naquit à Bruxelles, fils du peintre décorateur (de théâtre) Jean-Pierre Cluysenaar. Alfred étudia à l'Académie royale des beaux-arts de Bruxelles à partir de 1855 et rejoignit deux ans plus tard l'École des beaux-arts de Paris, probablement sur recommandation de ses professeurs. Dans les années 1860, il travailla comme assistant de son père et contribua à la décoration de théâtres en Allemagne, en Italie et aux Pays-Bas. Cluysenaar se spécialisa d'abord dans la peinture d'histoire et, ensesemle avec d'autres artistes, il travailla sur plusieurs grands projets de décoration. À partir des années 1870, il eut également du succès en tant que portraitiste. Il peignit d'abord sa famille et ses collègues artistes, puis reçut peu à peu des commandes de la grande bourgeoisie, de la noblesse et d'hommes politiques. Son œuvre comprend également des paysages, des représentations d'animaux et quelques nus. À partir de 1886, Cluysenaar était surtout actif en tant qu'enseignant, tant dans son propre atelier à Bruxelles qu'à l'Institut supérieur des beaux-arts de Bruxelles.